У современных сайтов есть навигация вида:
Site.com/categories/category_name
Неужели создают директорию category , где есть index.php с меню навигацией по категориям и куча файлов category_name.php с контентом каждой категории?
Нет, так никто не делает :)
Создают правила роутинга и в базе создают категории, а контроллеры уже разруливают запросы к сайту и отдают нужный контент.
Посмотри курс Codeigniter, там очень просто шаг за шагом показывается как создается сайт (программная часть), в том числе реализуется то, что ты спрашиваешь, только на примере новостей, фильмов, сериалов, записей блога и т.д.